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空间分布函数图该怎么做

2020-07-20 09:59  作者:admin 点击:次 

  各位老师好,我是用Gromacs得到离子液体的ionicbox_GMX.gro 和 ionicbox_GMX.top文件后,利用gOpenMol软件来做空间分布函数图的,但是做的很垃圾。我想做一个阳离子周围,所有的阴离子的分布概率,从而得到阴阳离子的相对位置关系。可是我做的图中,阴离子一团一团的均匀的分布着,看不出来哪个位置多,哪个位置少。请问老师有什么好的方法利用Gromacs做出来可靠的空间分布函数图吗?

  参考

  VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法

  http://sobereva.com/14

  Gromacs的g_spatial产生的格点文件分析工具gmxgrid v1.2

  http://sobereva.com/38

  你也要注意看看轨迹,是否本来当前体系中离子本来就没完全跑开(比如温度不够,没有真正达到液态,或者跑的时间太短,还没能充分扩散开),此时必然得到的是一团一团的,阴离子只能在初始位置附近运动。

  你想做的是这种东西咩?

  是的,是的!请问您这是怎么做的啊?能不能教教我?谢谢!谢谢!!

  好的,谢谢老师

  没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/

  首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效果好。程序怎么安装看manual

  这个程序输入蛮多的,需要注意的是输入文件以后analyze 项选择sdf, 选择reference molecule 里三个原子注意要从一个rigid 结构里选,就是这三个原子之间不能有自由的相对位移。最后的结果是gaussian cube file, 可以用vmd做图,结果就是number density 的数值。你还有什么不懂得就在这问

  好的,太感谢您了!我先试试。。。

  老师,我用travis运行到选择 Continue with molecule recognition anyways (y/n)? [yes] 。选y以后,它就一直停在那里不动了,我等了三个多小时,后来强行关了以后看log,看到下面的提示,我又重新运行加了 -i 命令,结果又是停在那个界面不动了,麻烦您帮我看一下这该怎么解决吧,谢谢老师!

  molecular recognition 出问题了哎。你如果可以的话把pdb文件(只要一帧)和log文件传给我看一下,不行的话把log 之前的部分贴一下。

  程序会输出一个 .xyz 文件,是给你的reference 分子。把它同时也 load 进 vmd 就可以了

  太感谢您了老师!现在已经做出来了,谢谢!

  你好,我想问问你的空间分布函数选组的时候,中心分子组是只选一个分子呢,还是把所有研究对象作为一个中心分子组?